Sachverhalt

Die Beschwerdeführerin (Beklagte) ist eine der Aufsicht der FINMA unterstellte Effektenhändlerin, die auch in der Vermögensverwaltung für private und institutionelle Kunden tätig ist. Sie war vom 1. Juli 2009 bis 30. Juni 2014 als Vermögensverwalterin der Beschwerdegegnerin (Stiftung in Liquidation, Klägerin) tätig. Die Vertreter der Beklagten (insbesondere deren CEO) waren zugleich Mitglieder des klägerischen Stiftungsrats.

Während des Vermögensverwaltungsmandats war ein grösserer Teil der klägerischen Vermögenswerte in zwei von der Beklagten selbst verwalteten Dachfonds angelegt. Die Klägerin wirft der Beklagten vor, sie durch die Investition in den Dachfonds geschädigt zu haben. Die dadurch entstandenen Kosten seien zudem zum grössten Teil der Beklagten selbst zugeflossen. Weiter habe die Beklagte als Vermögensverwalterin des Dachfonds wiederholt absichtlich teurere Tranchen der Zielfonds eingekauft, um höhere Retrozessionen zu erhalten, obwohl sie kostengünstigere institutionelle Tranchen der Zielfonds hätte erwerben können. Schliesslich habe die Beklagte mutmasslich Retrozessionen nicht abgeliefert, sondern selber behalten (...